Формирование гигиены как области научного знания произошло во второй половине XIX века. В это же время в соответствии с уставами 1863 и 1884 годов гигиена стала предметом преподавания.
В 1881 году Совет Московского университета пригласил читать доцентский курс молодого, но уже известного своими руководствами Ф.Ф. Эрисмана. В 1-й же лекции 1 декабря 1882 года Ф.Ф. Эрисман изложил цели и задачи гигиены, сформулировал новую концепцию данной науки.
Важнейшими ее положениями были: «гигиена есть наука об общественном здоровье»; «не каждый врач... может быть специалистом по гигиене, но каждый может и должен усвоить гигиенический способ мышления»; «умение устранять санитарные недуги общества... вернее спасает от болезни и смерти, нежели все рецепты и лекарства вместе взятые»; «санитарное направление (профилактическое) в медицине одержит блестящую победу над чисто врачебными тенденциями»; «предупредительной медицине - гигиене - предстоит большое будущее».
Ф.Ф. Эрисман стремился найти «те закономерности, которые управляют здоровьем общества». Для осуществления этих целей Ф.Ф. Эрисман создает гигиеническую лабораторию, в которой проходили практические занятия студентов.
Важной вехой в истории гигиены явилось классическое исследование проведенное Ф.Ф. Эрисманом, Е.М. Дементьевым и А.В. Погожевым фабрично-заводских предприятий Московской губернии в 1879-85 годах. Результаты исследований были обобщены в 17 томах. Принципиальные положения гигиены и материалы проведенных исследований были обобщены Ф.Ф. Эрисманом в трехтомном «Курсе гигиены» (1887-88) и «Кратком учебнике по гигиене» (1898).
Ф.Ф. Эрисман проявил себя в Московском университете как блестящий организатор. По его плану и под его руководством был построен на Девичьем Поле Гигиенический институт (1890). В 1891 году при институте создана городская санитарная станция, которая анализировала пищевые продукты московских рынков.
Он способствовал рождению в недрах общей гигиены самостоятельных гигиенических наук: гигиены умственного и физического труда, гигиены питания, школьной и коммунальной гигиены.