Наиболее характерные осложнения дифтерии возникают со стороны сердечно-сосудистой системы (миокардит), периферической нервной системы (невриты и полиневриты) и почек (нефротический синдром). 

Осложнения возникают, как правило, при выраженном процессе или поздно начатом лечении. При токсической дифтерии зева массивное воспаление может привести к развитию острой сердечно-сосудистой недостаточности вследствие кровоизлияния в надпочечники. При этом у больного падает артериальное давление, пульс становится слабым, едва прощупывается, Кожные покровы бледные, синюшные. 

При нарастающих явлениях падения артериального давления может наступить смерть. Миокардит возникает в конце 1-й – начале 2-й недели болезни. Появляются приглушенность тонов сердца, шумы и расширение его границ.

 Пульс учащен. Больные жалуются на слабость, ухудшение самочувствия. В тяжелых случаях признаки миокардита развиваются бурно. Общее состояние становится очень тяжелым: нарастают бледность, синюшность губ, адинамия. Характерны расширение границ сердца в течение очень короткого времени, повторная рвота и боли в животе из-за быстрого увеличения размеров печени. Появляются и прогрессируют расстройства сердечного ритма.

 Нефротический синдром отмечается в остром периоде болезни. В моче обнаруживают высокое содержание белка, многие специфические элементы. Клинически синдром не проявляется. Типичным осложнением дифтерии являются периферические параличи. Различают ранние и поздние дифтерийные параличи. Ранние возникают на 2-й неделе болезни. 

Поражаются обычно черепные нервы. Чаще возникает паралич мягкого неба. Голос становится гнусавым, больной не может задуть горящую свечу, жидкая пища выливается из носа. В редких случаях возникает паралич глазодвигательного нерва: больные не способны различать мелкие предметы, не могут читать. Поздние параличи возникают на 4—5-ой неделе болезни.

 Характеризуются всеми признаками вялых периферических параличей – снижением рефлексов на конечностях, мышечной слабостью, расстройством координации, неуверенной походкой вплоть до полной обездвиженности в конечностях.

 В тяжелых случаях возможно поражение мышц шеи, туловища; больной не может сидеть, держать голову. Кроме того, могут возникнуть паралич гортани (голос и кашель становятся беззвучными), поражение глотки (больной не может проглотить пищу и даже слюну), паралич грудобрюшной перегородки (парадоксальные движения брюшной стенки – втяжение живота при вдохе), возможно поражение механизмов иннервации сердца. 

Перечисленные симптомы встречаются изолированно или в различных сочетаниях и могут угрожать жизни. Но течение параличей обычно благоприятное, они исчезают через 1–3 месяца с полным восстановлением функции мускулатуры.