При монастырях строились монастырские больницы. Так, в 1635 г. при Троице-Сергиевой лавре были сооружены двухэтажные больничные палаты (надо сказать, что эти палаты сохранились до наших дней). До наших дней сохранились и больничные палаты, которые были построены при Кирилло-Белозерском, Новодевичьем и других монастырях. Надо отметить, что монастыри в Московском государстве имели очень важное оборонное значение.
Дело в том, что во время вражеских нашествий на базе больничных палат при монастырях разворачивали временные военные госпитали, в которых занимались лечением раненых. Надо сказать, что лечение и содержание больных во временных госпиталях осуществлялось за счет государства, хотя и не входило в ведение Аптекарского приказа. 

Это одна из отличительных черт русской медицины XVII в.
Обратим внимание на гражданские больницы. Как уже было сказано выше, боярин Федор Михайлович Ртищев организовывал в своих домах в Москве богадельни, которые можно считать первыми правильно устроенными гражданскими больницами на Руси. Заметим, что лекарства выдавались для этих больниц из Государевой аптеки.

 В 1682 г. был издан указ об открытии в Москве двух «шпитален» (т. е. больниц), которые обслуживали гражданское население.

 Помимо лечения больных, в этих учреждениях также обучали лекарскому делу. В том же 1682 г. была учреждена в Москве Славяно-греко-латинская академия. Что же касается военных больниц, то первая из них была открыта в 1656 г. в городе Смоленске.